Le Défap est en lien avec Madagascar par le biais de la FJKM (l’Église réformée) et la FLM (l’Église luthérienne malgache), qui comptent, la première 5 millions de membres, la seconde 3 millions. Toutes deux disposent de leurs centres de formation théologique pour leurs pasteurs, à Tananarive pour la FJKM et à Fianarantsoa pour la FLM.
Les deux Églises ont un important réseau d’écoles protestantes qui comptent chacun plusieurs centaines d’établissements.