C’est en 1857, le 5 mai, que fut créée la commune d’Arcachon par décret impérial (Napoléon III). Dès cette époque, le bon air vivifiant de la région (Le climat d’Arcachon par le Dr. J. Hameau) était recommandé pour soigner une grave maladie des poumons, la tuberculose. C’est à partir des années 1860, après une visite de Sir Dominic Corrigan, physicien irlandais de la reine Victoria qui loua les qualités climatiques de guérison de cette maladie, que se constitua une petite communauté anglaise qui s’établit principalement dans la Ville d’Hiver. Elle prospéra jusqu’au début de la Première Guerre mondiale.
En mai 1866 arrive à Arcachon un autre Irlandais, le révérend Samuel Radcliff, atteint lui-même de problèmes de santé. En 1867, après sa guérison au bout de six mois, il fut nommé Chaplain (aumônier) à plein temps. À cette époque, les actes pastoraux anglicans se faisaient au temple protestant réformé situé dans le centre d’Arcachon : de nombreux baptêmes, mariages y ont été célébrés.
Le dynamique révérend Radcliff réussit à convaincre la Colonial and Continental Church Society d’édifier une église sur un terrain de la Ville d’Hiver, cédé par l’abbé Mouls ; c’était peu de temps avant la création de la place des Palmiers. Le 13 octobre 1878 eut lieu l’inauguration de la chapelle Saint-Thomas en présence du maire d’Arcachon, Adalbert Deganne, de l’évêque de Londres et de nombreux représentants de l’Église anglicane.
Le révérend Radcliff exerça 46 ans à Arcachon où il fonda une grande famille. Il écrivit notamment un petit guide à l’usage des Anglais (Arcachon in the Department of Gironde, France, Its Advantages as a Health Resort) pour les aider à comprendre la vie arcachonnaise et à bien s’intégrer ; grand sportif, il est à l’origine de la création du terrain de golf en 1900. La tuberculose vaincue par les antibiotiques, puis les guerres mondiales, conduisirent la communauté anglicane d’Arcachon à se déliter lentement.
En 1941, l’église servit d’entrepôt à l’armée allemande alors que le temple protestant était réquisitionné pour la célébration des cultes. En 1960, l’église était en ruine et prise dans la végétation. De gros travaux furent entrepris pour les quelques résidents qui restaient : la voûte fut consolidée ainsi que le côté nord à moitié écroulé.
Le petit cimetière autour de l’église fut déplacé et regroupé dans un carré du cimetière d’Arcachon en 1962. Mais en 1973, après un siècle de présence anglicane à Arcachon, le révérend Clark de l’Église anglicane de Bordeaux vend l’église Saint-Thomas, complètement à l’abandon, à la municipalité d’Arcachon qui propose alors un échange à l’Église protestante réformée avec son temple du centre-ville.
Curieux retour des choses par rapport aux années 1860… Depuis 1975, la communauté de l’Église protestante unie d’Arcachon n’a cessé de restaurer cette chapelle devenue le temple protestant du bassin d’Arcachon et du Nord des Landes. Elle est reconnue maintenant comme faisant partie du patrimoine d’Arcachon. Une très belle chapelle qui témoigne par divers éléments architecturaux et décoratifs de la présence ancienne des anglicans.